1990 wurde Kiefer mit dem Goslarer Kaiserring ausgezeichnet, 1999 erhielt er den Praemium Imperiale. 2008 wurde er mit dem Friedenspreis des Deutschen Buchhandels geehrt, wobei es in der Begründung des Stiftungsrats hieß, Kiefer habe eine Bildsprache entwickelt, die »aus dem Betrachter auch einen Leser macht.«