Mit einem Anteil (2016) von 28,1 % am BIP kommt der Industrie (einschließlich Bergbau und Bauwirtschaft) eine beachtliche Bedeutung zu. Sie ist vor allem auf die Produktion von Konsumgütern für den Inlandsverbrauch ausgerichtet. Wichtig sind die Nahrungsmittel- und Getränkeindustrie sowie die Fischverarbeitung. Seit 1962 besteht eine Erdölraffinerie östlich von Colón.