Der Anteil des Industriesektors am BIP wächst kontinuierlich und beträgt (2017) 20,0 %. Die wichtigsten Betriebe verarbeiten vor allem heimische Agrarerzeugnisse wie Kaffee, Baumwolle oder Zuckerrohr. Von Bedeutung sind auch die Herstellung von Düngemitteln, Metallprodukten und Zement sowie Textilien und Bekleidung. Größte Industriestandorte sind die Hauptstadt Kampala, Jinja, Mbarara, Kasese