Die Lage im Übergangsgebiet zwischen Atlantik und Eurasien teilt die Ostsee zwei unterschiedlichen Klimazonen zu (Grenze etwa entlang der Linie Åland–Kaliningrad). Südlich und westlich dieser Linie herrscht gemäßigtes feucht-ozeanisches Klima vor, nördlich davon der Einfluss kontinentalen Klimas mit kalten Wintern und nach Osten zunehmend wärmeren Sommern.