An den Parlaments- und Präsidentschaftswahlen 1994 nahm die FMLN als politische Partei teil. Sie wurde zweitstärkste Kraft nach der ARENA, die mit Armando Calderón Sol (* 1948, † 2017) wiederum den Präsidenten stellte. Ende April 1996 erklärte die UN ihre Mission für erfolgreich beendet. Aus den Parlamentswahlen 2000 und 2003 ging