Das Protokoll regelt insbesondere den grenzüberschreitenden Verkehr mit lebenden gentechnisch veränderten Organismen, beispielsweise gentechnisch veränderten Pflanzen oder Mikroorganismen. Unter bestimmten Voraussetzungen muss das Einfuhrland vor dem ersten Import über die Organismen und mögliche Risiken informiert werden und der Einfuhr zustimmen. Grundlage dafür ist eine wissenschaftliche Risikobewertung.