Die jahrzehntelangen Kriegseinwirkungen und die unzureichende Verkehrserschließung behinderten bislang die Entwicklung des Bergbaus. Von den Bodenschätzen wurden bisher Steinkohle, Steinsalz, Erdgas, Kupfer, Baryt und Talk ausgebeutet. Die Provinz Badachschan ist seit dem Altertum ein bedeutender Fundort von Lapislazuli. Weitere Bodenschätze, insbesondere Erdöl, Eisen, Lithium, Kobalt und Gold, sind noch ungenügend