Die Karakum hat nur eine spärliche Vegetation aus Saxaul, Beifuß, Salzkraut und Tamarisken. Längs der großen Flüsse wächst Galeriewald (Tugai), in Überschwemmungsgebieten auch Schilfrohr. Im Gebirge gibt es bis in größte Höhen nur Steppen. Die Gebirgsfußoasen am Rande des Kopet-Dag gehen auf intensive künstliche Bewässerung zurück.