Müller-Küppers war Professor in Heidelberg. Er beschäftigte sich insbesondere mit Psychosomatik im Kindesalter, Kinderpsychotherapie, Suizid von Jugendlichen sowie Kinder- und Jugenddelinquenz. Er legte ferner Analysen zur Entstehung und Ausbreitung religiöser Bewegungen in der Jugend vor (Neue Jugendreligionen, 1979).