Die musikalischen Geschicke lagen stets in den Händen von Musikdirektoren, zunächst von Fritz Busch, der bis 1951 mit dem Regisseur Carl Ebert maßstabsetzende Mozart-Interpretationen inszenierte, beginnend mit den Eröffnungsveranstaltungen von »Le nozze di Figaro« und »Così fan tutte«. Nach ihm wirkten als Musikdirektoren: John Pritchard (1964–77), Bernard Haitink (1978–88), Andrew Davis (1989–2000), Wladimir Jurowski (2001-13)