Das Verfahren läuft in mehreren Schritten ab. Zunächst wird das künstlich erzeugte Sonden-Schere-System (CRISPR/Cas9) in die Zelle (beispielsweise eine Pflanzenzelle) injiziert. Innerhalb der Zelle laufen drei Prozesse hintereinander ab: Im ersten Prozessschritt steuert die RNA-Sonde, die crRNA, im Genom der Zelle gezielt eine DNA-Sequenz an, die ihrer Erkennungssequenz entspricht.