Infolge ihrer geringen Größe und der physiologischen Angepasstheit vermögen Bakterien alle Lebensräume zu besiedeln. Wichtigster Standort ist der Erdboden; in l g Komposterde befinden sich 1–5 Milliarden Bakterien, Sandböden und saure Böden sind ärmer an Bakterien. Stark verschmutztes Abwasser hat etwa 1 Millionen Bakterien pro cm³ und selbst gutes Trinkwasser