Die Grundeinheit der Bakteriensystematik ist der Stamm (Reinkultur, Population). Gleiche Stämme werden in einer Art, verschiedene Arten in einer Gattung, verschiedene Gattungen in einer Familie zusammengefasst. Für die Bezeichnung der Bakterien gilt – wie bei Pflanzen und Tieren – die binäre Nomenklatur: Jedes Bakterium hat einen Gattungs- und einen Artnamen.