Die Bestimmung der Bakterien ist nur in Reinkulturen möglich. Sie erfordert Untersuchungen zur Morphologie, zu Anfärbbarkeit, zur Physiologie (Ernährungsansprüche, Verhalten gegenüber Sauerstoff, Temperatur, pH-Wert u. a.) und zur biochemischen Aktivität (Abbau von Kohlenhydraten, Proteinen, Besitz bestimmter Enzyme u. a.). Für die Differenzierung von Stämmen einer Bakteriengruppe werden auch Serodiagnostik, Phagentypisierung