Das Klima ist tropisch. Die im Jahresverlauf geringe Schwankungen aufweisenden Temperaturwerte sind vor allem von der Höhe abhängig (im Tiefland, der Tierra caliente, im Jahresmittel 22–27 °C, in der Gipfelregion der Anden, der Tierra nevada, 0–3 °C). Die Niederschläge nehmen von Osten nach Westen und von Norden nach Süden ab: im Hochland