Die globale Analyse von Wechselwirkungen, posttranslationalen Modifikationen und molekularen Netzwerken versteht man auch als »funktionelle Proteomik«. Sie wird konzeptionell meist in sogenannten differenziellen Ansätzen durchgeführt. Dabei versucht man, von einem genau definierten physiologischen Zustand das Proteinmuster quantitativ zu ermitteln. Dann verändert man einen Parameter (z. B. gibt man ein Medikament