Analysen auf der DNA-Ebene (Genomforschung) und mRNA-Ebene (Transkriptomik) können nur unvollständig Auskunft über zelluläre Prozesse geben. So gibt es etwa prinzipielle Grenzen, die Menge an synthetisierten Proteinen oder posttranslationalen Modifikationen, Proteinlokalisationen und Proteinwechselwirkungen vorherzusagen. Ein weiterer wichtiger Grund, sich die Proteine selbst anzusehen, ist die zeitliche Entkopplung von Transkriptom