Durch die Teilnahme an mehreren Religionsgesprächen lernte er die deutsche Reformation und ihre führenden Theologen kennen. 1541 nach Genf zurückgerufen, legte er dem Rat der Stadt eine auf strenge Gemeindezucht angelegte Kirchenordnung, die »Ordonnances ecclésiastiques«, zur Beschlussfassung vor; sie wurde vom Rat angenommen und in den folgenden Jahren konsequent durchgeführt.