Das Herrscherpaar (ab 1496 führte es den vom Papst verliehenen Ehrentitel »Katholische Könige«, den Titel »Könige von Spanien« lehnte es ab) sah sich innenpolitisch schwierigen Problemen gegenüber. Die tatsächliche Vereinigung der beiden Reichsteile, deren Institutionen und Verwaltungen getrennt blieben, vollzog sich nur allmählich; aragonesische Sonderrechte schränkten zudem die königliche Macht