1613 entwickelte er in einem Brief an den Benediktiner B. Castelli seine Vorstellungen über das Verhältnis der Bibel zur Naturerkenntnis und v. a. zum heliozentrischen System, die eine Neuinterpretation der Heiligen Schrift erforderten. Dies führte zu einer ersten Auseinandersetzung mit der römischen Kirche, die 1616 mit dem Verbot dieser