Die wichtigsten Ressourcen sind die Ölschiefervorkommen im Nordosten (vor allem in Ida-Virumaa) und Torf. Der Abbau der Phosphoritvorkommen um Rakvere wäre mit erheblichen Umweltbelastungen verbunden, so dass keine neuen Lagerstätten erschlossen werden. Die Kalkstein-, Sand- und Kiesvorkommen bilden die Grundlage der Baustoffindustrie.