An der Spitze der Gerichtsbarkeit steht der Oberste Gerichtshof (Riigikohus) mit 19 Mitgliedern, dessen Leitender Richter nach Nominierung durch den Präsidenten durch das Parlament bestimmt wird. Beim Obersten Gerichtshof gibt es eine Verfassungsrevisionskammer. Die Richter der nachgeordneten Gerichtshöfe werden auf Vorschlag des Leitenden Richters des Obersten Gerichtshofs vom Parlament gewählt.