Bei bestimmten Darmerkrankungen, die die Dünndarmschleimhaut angreifen, tritt die sekundäre Lactoseintoleranz auf. Bei der Glutenunverträglichkeit oder chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen kann die Dünndarmschleimhaut, in der das Enzym Lactase gebildet wird, so stark angegriffen werden, dass die Lactaseproduktion beeinträchtigt wird.