Kaffeesträucher und Ernteprodukt werden von zahlreichen Schadorganismen bedroht, was entsprechende Schutzmaßnahmen während Anbau, Lagerung und Transport erforderlich macht. Wichtigste Mykose ist Kaffeerost (Rostpilze), der alle Sorten befällt und sich von Ceylon aus ab 1865 über alle Anbaugebiete ausbreitete; Brasilien wurde 1970, Zentralamerika 1976 erreicht. Der Rostpilz infiziert junge Blätter,