Dass die Stammbäume von einigen Wissenschaftlern oft allein aufgrund von Daten aus Sequenzanalysen erstellt werden, wird vielfach kritisiert und dagegen ein integrierter Ansatz propagiert, in dem Erkenntnisse aus allen Bereichen der Biologie, also sowohl molekularbiologische Ergebnisse als auch zytologische, biochemische, morphologische und anatomische Charakteristika in Betracht gezogen werden.