Ab 1939 studierte Scholl an der Münchner Ludwig-Maximilians-Universität Medizin, wo er Alexander Schmorell, Christoph Probst und Willi Graf kennen lernte. Während der Semesterferien 1940 wurde er als Sanitäter an der Westfront eingesetzt, im Sommer 1942 wurde Scholl gemeinsam mit Schmorell und Graf an die Ostfront