Die Forschungsschwerpunkte des Würzburger Volkswirtschaftsprofessors (seit 1992) sind Geld- sowie Währungstheorie und -politik, europäische Integration und allgemeine Makroökonomik. Von März 2004 bis Februar 2019 war Bofinger Mitglied des Sachverständigenrates zur Begutachtung der gesamtwirtschaftlichen Entwicklung (Sachverständigenrat).