Mit ihr vermählte sich 1432 vermutlich (urkundlich nicht nachweisbar) Albrecht III. von Bayern-München heimlich. Albrechts Vater, der regierende Herzog Ernst, missbilligte die unebenbürtige Heirat aus dynastischen Gründen; er ließ Agnes Bernauer verhaften und wahrscheinlich unter dem Vorwand der Zauberei in der Donau ertränken.