Wertvolle Partner für Pflanzen sind auch Pilze, die an oder in Wurzeln leben. Die Pilzfäden versorgen die Gewächse mit Wasser und Mineralstoffen und bekommen dafür Kohlenhydrate, die mittels Fotosynthese in den Blättern der Pflanze erzeugt werden. Diese Form der Symbiose nennt man Mykorrhiza. Sie ist im Pflanzenreich deutlich weiter verbreitet