Ein weiteres Beispiel für das Schlüssel-Schloss-Prinzip ist die Reaktion zwischen Antigen und Antikörper. Als Reaktion auf eine Infektion durch Bakterien oder Viren stellt das Immunsystem Antikörper her. Dabei handelt es sich um Proteine, die so aufgebaut sind, dass sie mit ihrer Oberfläche genau an bestimmte Oberflächenstrukturen der Erregerpartikel, den Antigenen