Das Klima ist ausgeprägt kontinental und trocken mit deutlich erkennbarer Höhenstufung. Die größten Niederschlagsmengen empfangen die im Staubereich der Nordwest- und Südwestwinde liegenden Gebirgsteile (800–1 000 mm/Jahr). Am geringsten sind die Niederschläge in den zentralen Becken und Tälern des Tian Shan (180–300 mm/Jahr) und im Westteil des Issykkulbeckens (100 mm/Jahr).