Der Kakaobaum und seine Ernteprodukte werden von zahlreichen Schadorganismen bedroht, was entsprechende Schutzmaßnahmen während Anbau, Lagerung und Transport erforderlich macht. In Westafrika hat das Swollen-Shoot-Virus totale Ernteausfälle verursacht; Befallssymptome sind auffällige Anschwellungen der Zweige und mosaikartig verfärbte Blattspreiten; Überträger sind Blattläuse. In niederschlagsreichen Anbaugebieten werden die Früchte vom Stielansatz