Wann genau Gregor geboren wurde, ist nicht bekannt; man vermutet, dass es um das Jahr 540 geschah. Seine Familie lebte in Rom und gehörte dort zur alten und einflussreichen Adelsschicht der Patrizier. Sein Urgroßvater war Papst Felix III. gewesen. Gregors Vater Gordian war ein hoher römischer Beamter, in dessen Fußstapfen der