Die Ministerkonferenz als oberstes Organ tagt mindestens alle zwei Jahre und bestimmt alle zum Funktionieren der WTO notwendigen Handlungen. Zwischen den Tagungen übernimmt der Allgemeine Rat deren Funktion. Diesem sind das Streitschlichtungsorgan und das Organ für den handelspolitischen Überprüfungsmechanismus zugeordnet. Weiterhin besteht ein Sekretariat unter Vorsitz eines von der Ministerkonferenz