Studium in Münster und München; 1966 Priesterweihe. Ab 1977 war Werner Thissen leitend in der Seelsorgeverwaltung des Bistums Münsters tätig, ab 1986 dessen Generalvikar und nach seiner Bischofsweihe (1999) Weihbischof für die Bistumsregion Borken-Steinfurt. Von November 2002 bis März 2014 war Thissen Erzbischof von Hamburg (Nachfolger von Ludwig Averkamp).