Aus orthomolekularer Sicht führen zahlreiche Krankheiten (z. B. Nierenerkrankungen, Darmstörungen) zu Mangelzuständen, die ihrerseits wieder andere Erkrankungen begünstigen. So können entzündliche Darmerkrankungen zu Vitamin-D-Mangel führen, der wiederum einer Osteoporose Vorschub leistet. Umgekehrt sollen biochemische Ungleichgewichte (meist Mangelzustände) zu Krankheiten führen bzw. diese begünstigen oder verstärken.