Marthaler begann nach einem Musikstudium Mitte der 1970er-Jahre als Theatermusiker am Zürcher Theater am Neumarkt. Er war zudem Bühnenkomponist, u. a. für das Schauspielhaus Hamburg und das Wiener Burgtheater. Ab Mitte der 1980er-Jahre kamen auch Liederabende und Regiearbeiten hinzu, während eines Engagements am Theater in Basel (1988–93) u. a. »Stägeli uf, Stägeli