Der Bestand des Great Barrier Reef ist bedroht. Zu den Gefahren gehören Wirbelstürme, die Überdüngung der Küstengewässer durch Abwässer, die zeitweilig übermäßige Vermehrung der Korallen fressenden Dornenkronenseesterne (Acanthaster planci) und der zunehmende Tourismus.