Zugang zu Technologie: Da der Flipped Classroom oft auf Online-Lernmaterialien basiert, kann er für Schülerinnen und Schüler, die keinen zuverlässigen Zugang zu Internet und Technologie haben, problematisch sein.

Motivation der Lernenden: Einige Schülerinnen und Schüler könnten Schwierigkeiten haben, sich selbst zu motivieren, die vorbereitenden Lernmaterialien zu Hause durchzugehen.

Zeitaufwand für Lehrkräfte: Die Erstellung qualitativ hochwertiger Lernmaterialien für den Heimgebrauch kann zeitaufwendig sein.