Aufgrund seiner Aktivitäten wurde Willi Graf zusammen mit seiner Schwester Anneliese am 18.2.1943 von der Gestapo in München verhaftet. Am Volksgerichtshof in München wurde ihm und Alexander Schmorell der Prozess gemacht. Graf bekannte sich zu seinen Taten und wurde am 19.4.1943 durch den vorsitzenden Richter Roland Freisler (1893–1945), der extra für