Die Verfassung garantiert die Religionsfreiheit. Verschiedene Quellen liefern abweichende Daten zur Religionszugehörigkeit. Danach gehören zwischen etwa 73 und über 80 % der Bevölkerung der katholischen Kirche (exemtes Bistum São Tomé und Príncipe) an. Daneben gibt es 12–15 % Protestanten (besonders Adventisten und Pfingstler), Angehörige der Neuapostolischen Kirche (geschätzt 2 % Bevölkerungsanteil,