Die frühchristliche Marienkirche wurde im 3. Jahrhundert in ein über 260 m langes antikes Gebäude unbekannter Funktion (Bank ?) eingebaut. Die von Justinian I. errichtete Johanneskirche war ein kreuzförmiger Kuppelbau und wurde, wahrscheinlich nach dem Vorbild der Apostelkirche in Konstantinopel, über zwei Vorgängerbauten an der Stelle des legendären Apostelgrabs errichtet.