1939/40 Gouverneur von Tschad, schloss sich als erster Verwaltungschef einer französischen Kolonie im August 1940 General C. de Gaulle an, der ihn zum Generalgouverneur von Französisch-Äquatorialafrika ernannte. In dieser Funktion reformierte Eboué die Kolonialverwaltung (u. a. regionale und lokale Selbstverwaltung für die einheimische Bevölkerung).