Als am 18.2.1943 die Geschwister Scholl verhaftet werden, floh Schmorell aus München; er wurde jedoch am 24.2.1943 festgenommen und ebenfalls verhaftet. Die Verhaftung war möglich, weil er während eines Bombenangriffes in einem Münchner Luftschutzkeller von einer Bekannten erkannt und verraten wurde. Am 19.4.1943 wurde Schmorell mit anderen Widerstandskämpfern der »Weißen