Schlüsselschritt und gleichzeitig Herausforderung der kombinatorischen Chemie ist das automatische (einfache) und intelligente (eindeutige) Identifizieren der aufgebauten Substanzbibliotheken. Bei trägergebundenen Bibliotheken (z. B. im One-Bead-one-Compound-Verfahren) wird das Produkt dafür vom Träger abgelöst und ein Teil z. B. massenspektrometrisch analysiert. Mithilfe von Codemolekülen ist es sogar möglich, die chemischen Syntheseschritte auf