Während Hackathons viele Vorteile bieten, gibt es auch Herausforderungen. Dazu gehören die Organisation und Logistik der Veranstaltung, die Sicherstellung einer gesunden und inklusiven Umgebung (z. B. Vermeidung von Überarbeitung und Einbeziehung von Minderheiten) und die Nachbereitung der im Hackathon erstellten Projekte.