Viele dieser Typ-II-Restriktionsenzyme erkennen ganz bestimmte Abschnitte in der DNA. In diesen Abschnitten wiederholt sich die Abfolge der Nukleotide auf beiden Strängen in entgegengesetzter Richtung. Wenn diese Sequenz erkannt wird, schneidet das Enzym ein Fragment innerhalb des Abschnitts so heraus, dass die entstehenden Enden alle ungleich lang sind. Solche überstehenden,