Das Territorium umfasst den äußersten Nordwesten Kanadas zwischen Nordpolarmeer, Alaska, den Northwest Territories und der Provinz British Columbia. Der größte Teil wird vom Yukonplateau (etwa 1 000 m über dem Meeresspiegel) eingenommen. In den zur Gebirgsumrahmung des Yukonplateaus gehörenden Saint Elias Mountains mit dem Kluane National Park liegt der höchste