Schüler des Agrippa von Nettesheim. 1550–78 war Weyer Leibarzt von Herzog Wilhelm V. von Jülich-Kleve-Berg (* 1516, † 1592) und beeinflusste dort die Kirchenpolitik. Er wandte sich gegen den Hexenaberglauben seiner Zeit, besonders den »Hexenhammer«. Neben seinem Hauptwerk »De praestigiis daemonum ...« (1563) verfasste er zahlreiche medizinische Schriften.