Letztlich können aus biogenen Energieträgern auch Kraftstoffe gewonnen werden. Dies betrifft den klassischen Biodiesel (Rapsmethylester) ebenso wie auf der Basis von Vergärungsprozessen (zum Beispiel aus Zuckerrüben) gewonnenes Ethanol. Darüber hinaus werden derzeit moderne Vergasungsverfahren erforscht, die Ausgangsprodukte für die Herstellung von synthetischen Kraftstoffen (zum Beispiel über die Fischer-Troppsch-Synthese) erzeugen. Seit